El PIE es una estrategia inclusiva del sistema escolar, que tiene el propósito de contribuir al mejoramiento continuo de la calidad de la educación que se imparte en el establecimiento educacional, favoreciendo la presencia en la sala de clases, la participación y el logro de los objetivos de aprendizaje de todos y cada uno de los estudiantes, especialmente de aquellos que presentan Necesidades Educativas Especiales (NEE), sean éstas de carácter permanente o transitoria. A través del PIE se ponen a disposición recursos humanos y materiales adicionales para proporcionar apoyos y equiparar oportunidades de aprendizaje y participación para estos/as.
Considerando la estructura de enseñanza del sistema escolar regular, y de acuerdo con la Ley General de Educación (LGE), los Programas de Integración Escolar atienden alumnos desde los niveles NT1; NT2; Educación Básica y Media, hasta llegar a la Educación de Adultos.
El establecimiento educacional que cuenta con PIE debe asegurar la trayectoria escolar de todos los estudiantes que formen parte de el, así como la de los demás estudiantes del establecimiento.